Polizistin Rebecca Madsen (Sarah Jonesis) wird beauftragt, einen grausamen Mordfall aufzuklären. Auf der Suche nach dem möglichen Täter, führt ein Fingerabdruck sie zu dem angeblich bereits vor Jahrzehnten gestorbenen Alcatraz-Insassen Jack Sylvane (Jeffrey Pierce). Da sowohl Rebeccas Großvater als auch ihr Onkel Ray Archer (Robert Forster) einst Aufseher in dem berühmten Gefängnis waren, wird das Interesse der Polizistin auf der Stelle geweckt. Als der mysteriöse Regierungsbeamte Emerson Hauser (Sam Neill) versucht ihre Untersuchung zu behindern, wendet sie sich Hilfe suchend an Alcatraz-Experte Dr. Diego "Doc" Soto (Jorge Garcia). Gemeinsam finden die beiden heraus, dass Sylvane noch am Leben ist, zudem in San Francisco laufengelassen wurde und dort nun sein Unwesen treibt. Und die beiden machen noch eine Entdeckung: Seltsamerweise ist Sylvane seit seiner Freilassung nicht um einen Tag gealtert! Wohl oder übel müssen sie sich mit Agent Hauser und seiner Technikerin Lucy Banerjee (Paminder Nagra) zusammentun, um Sylvanes Mordserie zu stoppen. Doch das ist nur der Anfang von immer mehr Mysterien und Geheimnisse um Alcatraz, die sich ihnen offenbaren werden...