Ende des 19. Jahrhundert steht in der sonst so friedlichen Stadt Edo urplötzlich alles Kopf. Außerirdische, die sogenannten Amantos, sind über der Erde eingebrochen und zerstören alles, was ihnen in den Weg kommt. Mit sich bringen sie vor allem Technik, die im Zeitalter der Samurai rein gar nicht möglich gewesen wäre. Doch somit werden auch die Schwertkämpfer obsolet, ihr Handwerkszeug sogar gänzlich verboten. Nur noch wenige folgen dem Ruf der Samurai, so auch Sakata Gintoki, der eine Agentur betreibt und die Jobs andere übernimmt, sowie die Jouishishi, einer Rebellengruppe, die sich entschlossen gegen die Amantos stellt.