Der japanische Büroangestellte Rokuro Okajima wird während einer Geschäftsreise von Piraten gekidnappt. Seine Firma interessiert sich wenig für dessen Schicksal und erklärt ihn schlichtweg für tot. Rokuro, der keinen Grund sieht, in sein altes Leben zurückzukehren, schließt sich daraufhin der Crew der „Black Lagoon“ an und nimmt Aufträge für verschiedene Verbrechersyndikate an.