Als der Planet Thundera dem Untergang geweiht ist, flüchten die Einwohner in Raumschiffen ins All. Alle, bis auf eines der Schiffe, werden in einem Angriff von Mutanten zerstört und die letzten überlebenden Thundercats müssen auf der dritten Erde notlanden. Unter ihrem neuen Anführer Leo kämpfen sie um ihr Überleben.