Das "Spiel der Schatten" ist ein mystisches Kartenspiel, das bereits die Ägypter vor mehr als 5000 Jahren spielten und in dem echte Monster gegeneinander antreten. Allerdings geriet das Spiel außer Kontrolle und hätte beinahe die ganze Welt zerstört. Erst das mutige Eintreten eines Pharaos führte dazu, dass das gefährlich Spiel in sieben magische Artefakte, die sogenannten "Millenium Items", eingesperrt wurde.
Die Gegenwart: Yugi und sein Großvater lösen das Geheimnis des Puzzles. Fortan liegt es an ihnen, die Welt vor der kaum kontrollierbaren Macht des Spiels zu schützen. Unterstützt wird Yogi dabei von seinen drei besten Freunden: Joey, Thea und Tristan.