Ein Jahr nach ihrem Verschwinden, kehrt Morgana nach Camelot zurück und Merlin fürchtet, dass sie sich an die Umstände ihres Verschwindens erinnert und ihn vor dem König bloßstellt. König Uther plant derweil ein Festbankett.
S03E02 - Tears of Uther the Dragon Part 2
Mit der Hilfe des großen Drachen kehrt Merlin nach Camelot zurück. Morgause und Cenred haben sich verbündet, um gegen den geschwächten König Uther vorzugehen.
S03E03 - Gold! Lecker!
Merlin befreit versehentlich einen Goblin aus einer magischen Kammer. Gaius wird von dem Geschöpf besessen und wird zu einem Schatten seiner selbst.
S03E04 - Gwaine
Merlin und Arthur geraten in eine Barschlägerei und ein junger Mann kommt ihnen zur Hilfe. Sein Name is Gwaine und bei dem Versuch Arthur zu beschützen wird er verwundet.
S03E05 - Die Kristallhöhle
Der alte Zauberer Taliesin zeigt Merlin in einer Kristallhöhle einen Blick in die Zukunft. Doch was Merlin sieht, schockiert ihn zutiefst.
S03E06 - Kuckuckskind
Uther drängt Arthur in eine arrangierte Hochzeit mit der Prinzessin Elena. Doch Merlin hat bald Zweifel an der Identität von Arthurs Braut.
S03E07 - Entführt und erpresst
Gwen sieht sich einem unmöglichen Dilemma gegenüber. Sie muss zwischen ihrem Bruder Elyan und ihrer großen Liebe Prinz Arthur wählen, denn einer von beiden wird durch Cenred den Tod finden.
S03E08 - Das Auge des Phoenix
Arthur versucht sich dem Thron Camelots als würdig zu erweisen und muss dazu den goldenen Dreizack des Fischerkönigs beschaffen. Unterdessen nutzt Morgana die Gunst der Stunde.
S03E09 - Liebe in Zeiten der Drachen
Merlin entdeckt eine ganz neue Seite an seinem Mentor Gaius, als dessen alte Geliebte Alice in Camelot ankommt.
S03E10 - Herzdame
Morgana wird von Träumen geplagt, in denen Guinevere Königin von Camelot ist. Morgause treibt sie dazu an, König Uther von Arthur und Gwen zu erzählen, damit er die Vermählung seines Sohnes mit einer Dienerin verhindert.
S03E11 - Die Schattenwelt
Camelots legendäres Turnier hat nur eine Regel: Es gibt keine Regeln. Die Stadt füllt sich langsam mit furchteinflößenden Kriegern. Unter ihnen ist der schmächtige Gilli, der Magie benutzen will, um das Turnier zu gewinnen.
S03E12 - The Coming of Arthur: Part 1
Arthur und Merlin gehen auf eine gefährliche Mission, um ein geheimnisvolles Artefakt zu finden, dass angeblich Unsterblichkeit verleiht.
S03E13 - The Coming of Arthur: Part 2
Morgana, die neugekrönte Königin von Camelot verbreitet Angst und Schrecken in der Bevölkerung. Kann Arthur seine Schwester aufhalten?