McNulty ist strafversetzt worden zur Wasserschutzpolizei, Daniel ins Beweismittelarchiv. Kima arbeitet nun „freiwillig“ hinter einem Schreibtisch, damit ihre Lebensgefährtin ruhiger schlafen kann. Die nun von Stringer geführten Dealer versuchen ihre Vertriebswege neu aufzubauen und in den Docks von Baltimore werden krummen Geschäfte getrieben. Da stolpert McNulty über eine Wasserleiche und setzt einen neuen Fall in Gang…
S02E02 - Griechischer Wein
Polizeimajor Valchuck fängt wegen des Kirchenfensters einen Kleinkrieg mit Dockvorarbeiter Frank an und gründet eine Spezialeinheit, die in seine Finanzen schauen soll. McNulty beginnt sich für die 13 Frauenleichen zu interessieren und findet heraus, dass es sich um Mord handelt. Barksdale muss im Knast seine Leute bei Laune halten und vor allem sein Drogengeschäft neu organisieren.
S02E03 - Falscher Stoff
Valchuck will, dass die Ermittlungen gegen Frank Sobotka endlich fokussiert werden. Dessen Neffe Nick und Sohn Ziggy stehlen einen Container mit Kameras, die sie an den Griechen verkaufen. McNulty findet einen kleinen Hinweis auf die Identitäten der 14 toten Frauen.
S02E04 - Nicht mit uns
McNulty versucht auf eigene Faust die Identität der Wasserleiche zu ermitteln. Doch Bunk erinnert ihn daran, dass Wichtigeres ansteht: Omar muss gefunden werden. Avon Barksdales Trick geht auf: Er kann sich den seinen Leuten zusetzenden Gefängniswärter vom Hals schaffen und sein eigenes Strafmaß reduzieren.
S02E05 - Neue Fälle, alte Freunde
Zig hat Probleme mit ein paar Dealern, denen er Geld schuldet. Bis zum Ende der Woche muss er dieses auftreiben, sonst ist er tot. Spiros versucht die Sobotkas zurück ins Geschäft zu bringen, doch Bunk setzt den Hafenarbeitern zu, in dem er sie vor eine Jury vorladen lässt. Daniels bringt sein Team zusammen und nimmt trotz des Vertrauensbruchs beim letzten Mal auch Carver auf. McNulty ermittelt weiter auf eigene Faust und Stringer sucht nach einem Weg, den Verkauf seiner schwachen Drogen wieder anzukurbeln.
S02E06 - Ende des Vorspiels
Stringer heuert jemanden an, um sich des Problems Dee zu entledigen. McNulty unternimmt einen letzten Versuch seine Jane Doe zu identifizieren. Die Spezialeinheit von Daniels erzielt erst kleine Fortschritte. Und Nick nutzt seine Geschäftsbeziehungen um seinem Cousin Ziggy aus der Patsche zu helfen.
S02E07 - Wer sich treu bleibt
Auf eigene Faust untersuchen Bunk, Lester und Beadie die verschwundenen Container und entdecken dabei eine heiße Spur. Auch die Überwachungsaktion von Carver und Herc liefert Hinweise. Stringer bekommt bei der Beerdigung von Dee ein Angebot von Proposition Joe. Der will in das Drogengeschäft in den „Towers“ einsteigen.
S02E08 - Zurück zu den Wurzeln
Die Überwachung der Hafenarbeiter läuft auf vollen Touren, doch Sobotka wird nach mehreren Indizien misstrauisch. McNulty leistet sich betrunken mal wieder ein paar Ausfälle. Bunk bittet daher Daniels ihn ins Team zu holen. Bodie geht auf eigene Faust gegen die Dealerkonkurrenz vor.
S02E09 - Querschläger
Bodie und seine Jungs liefern sich eine Scheißerei mit der Konkurrenz. Weil ein Querschläger einen kleinen Jungen tötet, erhöht die Polizei ihre Präsenz im Viertel massiv. Das versetzt dem Drogengeschäft einen weiteren Schlag, weswegen Stringer einen Deal mit Proposition Joe macht – allerdings ohne Wissen von Avon. Seit die Vorarbeiter und die Griechen ruhig halten, bringt die Abhöraktion nichts mehr ein. McNulty versucht undercover wenigstens an den Prostituiertenring zu kommen. Und Ziggy plant einen Coup ohne seinen Cousin…
S02E10 - Storm Warnings
Propositions Joes Leute dealen nun auch in den Towers. Doch die von Avon aus New York geholte Verstärkung ist schon da und versteht keinen Spaß. Als Ziggy von den Griechen nicht das vereinbarte Geld für die Mercedes bezahlt bekommen, rastet er aus. Valchek ist sauer, dass die Ermittlung schon längst nicht mehr auf seinen Erzfeind Sobotka fokussiert ist und versucht daher das FBI an Bord zu holen. Die steigen zwar ein, schließen sich aber Daniels Trupp an. Der Grieche bekommt von seinen Kontakten den Hinweis, dass man ihm auf den Fersen ist und ordnet an, alle Geschäfte zu schließen.
S02E11 - Bad Dreams
In Großrazzien werden nahezu alle Beteiligte verhaftet. Nur Spiros bleibt auf freiem Fuß, weil man hofft, dass er die Ermittler zu einer noch größeren Nummer führen wird und Nick hat Glück, dass er die Nacht außerhalb verbracht hat. Doch die Griechen haben bereits aufgeräumt und keine Beweismittel zurückgelassen. Stringer schickt Omar auf die Fährte von Brother Mouzone um sich so dieses Problems zu entledigen.
S02E12 - Geschäfte, nur Geschäfte
Nachdem die Leiche des ermordeten Frank Sobotka entdeckt wurde, will sein Neffe Niko auspacken. Doch reicht das noch, um Spiro und den Griechen zu erwischen? McNulty und Kima kommen unterdessen dahinter, dass Stringer einen Deal mit Proposition Joe gemacht hat.