Die Brüder Frank (Rohan Campbell) und Joe Hardy (Alexander Elliot) setzen ihre Ermittlungen fort, nachdem sie das mysteriöse Verschwinden ihrer Mutter und die dunklen Geheimnisse von Bayport aufgedeckt haben. Sechs Monate nach den Ereignissen werden sie mit neuen Rätseln konfrontiert, als ein Schüler namens Dennis Gilroy (Leonidas Castrounis) während eines Schulausflugs von einer mysteriösen Kreatur entführt wird. Die Brüder entdecken Hinweise auf eine Verschwörung, die mit ihrer eigenen Familiengeschichte und dem geheimen Unternehmen Stratemeyer Global verknüpft ist. Während sie versuchen, das Rätsel um Dennis' Verschwinden zu lösen, stoßen sie auf weitere Geheimnisse, die ihre bisherigen Erkenntnisse in Frage stellen und sie tiefer in ein Netz aus Intrigen und Gefahren führen.