Eines Tages wird die gesamte Menschheit durch ein mysteriöses Licht in Stein verwandelt. Jahrtausende später, nach 3.700 Jahren, erwacht der brillante und wissenschaftsbegeisterte Schüler Senku Ishigami (Stimme im Original: Yûsuke Kobayashi) aus seiner Versteinerung. Er findet sich in einer Welt wieder, in der die Natur die Städte und Errungenschaften der Menschheit zurückerobert hat. Fest entschlossen, die Zivilisation mit der Kraft der Wissenschaft wieder aufzubauen, macht sich Senku daran, Werkzeuge und Technologien von Grund auf neu zu erschaffen. Bald wird auch sein Freund Taiju Ōki (Makoto Furukawa) aus der Versteinerung befreit. Gemeinsam beginnen die beiden mit der Rekonstruktion von grundlegenden wissenschaftlichen Errungenschaften. Ihr erstes Ziel ist es, andere Menschen aus der Versteinerung zu befreien.
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