Weil Fox Mulder (David Duchovny) untergetaucht ist und Dana Scully (Gillian Anderson) einmal mehr zurück an die FBI Academy beordert wurde, um dort zu lehren, übernehmen Monica Reyes (Annabeth Gish) und John Doggett (Robert Patrick) die Hauptverantwortung über die Fälle der Akte X.
Weil Scully Mulder zunehmend vermisst, lässt sie sich auf einen Deal mit dem mysteriösen "Schattenmann" (Terry O'Quinn) ein. Damit bringt sie sowohl sich als auch Mulder in große Gefahr, denn ihr angeblicher Verbündeter stellt sich als Supersoldat heraus, der gesandt wurde, die beiden auszuschalten...