Schwierige Zeiten für FBI-Agentin Dana Scully (Gillian Anderson): Ihr langjähriger Ermittlungspartner Fox Mulder (David Duchovny) wurde von Aliens entführt und die Suche nach ihm verläuft bislang erfolglos. Der Leiter der zuständigen Taskforce John Doggett (Robert Patrick) unterstützt Scully in ihrer täglichen Arbeit, doch ihr fällt es immer schwerer sich darauf zu konzentrieren. Denn die Schwangerschaft zehrt sowohl körperlich als auch psychisch an ihr – besonders als sie von Fällen erfährt, bei denen Frauen von Aliens entführt und geschwängert wurden...