Fox Mulder (David Duchovny) und Dana Scully (Gillian Anderson) werden vom FBI vom X-Akten-Programm abgezogen. Stattdessen liegt die Verantwortung dafür ab sofort bei den Agenten Diana Fowley (Mimi Rogers) und Jeffrey Spender (Chris Owens). Trotzdem denken Mulder und Scully gar nicht daran, ihre Arbeit komplett aufzugeben. Gegen die Anweisungen ihrer Vorgesetzten reisen sie nach Phoenix, Arizona und heften sie sich an die Fersen eines entkommenen Aliens. An diesem ist auch "der Krebskandidat" (William B. Davis) hoch interessiert...