Nachdem Ziva (Cote de Pablo) vor einigen Jahren spurlos verschwunden ist und für tot erklärt wurde, steht sie plötzlich wieder vor Gibbs (Mark Harmon). Ein ruhiges Wiedersehen können die beiden jedoch nicht feiern – irgendwer hat es auf sie abgesehen. Nach und nach erfährt Gibbs, wer ihnen nach dem Leben trachtet und was Ziva in den vergangenen Jahren erlebt hat. Das NCIS-Team muss daneben aber auch den Fall eines toten Marines lösen, sich um den vermeintlichen Selbstmord eines Musikers kümmern und sich mit dem ungewöhnlichen Fall eines toten Reiters befassen, dem die Füße abgeschnitten wurden.