Tony DiNozzo (Michael Weatherly) kehrt von einer Geheimmission zurück, auf die er gemeinsam mit Senior Special Agent E.J. Barretts (Sarah Jane Morris) vom neuen United States Secretary of the Navy geschickt Clayton Jarvis (Matt Craven) worden war. Barretts Team erlitt dabei schlimme Verluste, sie selbst muss untertauchen. Später bekommen es Gibbs (Mark Harmon) und sein Team mit dem Terroristen Harper (Richard Schiff) zu tun. Der greift mehrere Schiffe der Navy an und nimmt schließlich sogar Direktor Leon Vance (Rocky Carroll) ins Visier...