In der Bucht vor Tokio häufen sich seltsame Zwischenfälle. Deputy Chief Cabinet Secretary Rando Yaguchi (Hiroki Hasegawa) ist bald überzeugt, dass eine Art unbekanntes Lebewesen dahintersteckt. Mit seinen Warnungen stößt er jedoch so lange auf taube Ohren, bis sich die zerstörerische Kreatur aus dem Wasser erhebt. Was kann den Godzilla getauften Riesen davon abhalten, die ganze Stadt in Schutt und Asche zu legen?