In der nahen Zukunft hat es der Cyber-Terrorist Kuze (Michael Pitt) auf die Technologien der Firma Hanka Robotic abgesehen und droht die Fortschritte der Firma zunichte zu machen. Die Elite-Einsatztruppe Sektion 9, die von einem einzigartigen Hybrid aus Mensch und Cyborg namens Major (Scarlett Johansson) angeführt wird, wird damit beauftragt, den skrupellosen Cyber-Kriminellen aufzuhalten.