Vor einem Jahr hatten sich Surfer Fin (Ian Ziering) und seine Frau April (Tara Reid) heldenhaft einem Sharknado entgegen gestellt. Nun bricht das Paar zu einer Reise nach New York auf, um dort ihre ehemalige Highschool-Freundin Skye (Vivica A. Fox) zu besuchen. Was ein netter Ausflug werden sollte, nimmt jedoch bald eine beunruhigende Wende, denn ...
Als Agent Kay (Tommy Lee Jones) in einem scheinbaren Routinefall ermittelt, stößt er auf ein diabolisches Komplott. Bei dieser Angelegenheit kann ihm nur eine einzige Person helfen - sein alter MIB-Partner Jay (Will Smith). Dieser jedoch führt jetzt ein einfaches Leben als Postbote in Massachusetts, nachdem sein Gehirn getreu den Vorschriften ...