Der Orcawal Willy ist Papa geworden und versucht mit seiner Familie in Frieden zu leben. Der kleine Junge, der ihm damals zur Flucht in die Freiheit verholfen hat, ist mittlerweile zum Teenager herangereift: Der 17-jährige Jesse (Jason James Richter) hat einen Ferienjob auf einem Forschungsschiff und hofft dabei, seinen alten Freund Willy wiederzusehen. Während er versucht den Rückgang des Walbestandes aufzuklären, lernt er den Kapitänssohn Max Wesley (Vincent Berry) kennen. In dessen Familie hat die Jagd auf die friedlichen Meeresbewohner eine lange Tradition und auch er soll die Techniken des Walfanges erlernen. Nachdem Willy dem zehnjährigen Jungen das Leben rettet und Jesse ihm die wahre Natur der angeblichen "Killer-Wale" zeigt, ändert Max jedoch seine Einstellung und versucht seinen Vater (Patrick Kilpatrick), der inzwischen Jagd auf Willy und seine Familie macht, gemeinsam mit seinen neuen Freunden aufzuhalten.
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