Im Jahr 2032 ist verlaufen die Grenzen zwischen Mensch und Maschine fließend. Neben Cyborgs gibt es Puppen, also Roboter ganz ohne menschliche Eigenschaften. Die Verbrechensbekämpfer Bato (Stimme im japanischen Original: Akio Otsuka) und Togusa (Koichi Yamadera) schließen sich der Anti-Terror-Einheit Sector 9 an. Während Togusa noch zu einem Großteil aus Fleisch und Blut besteht, ist Bato fast komplett mechanisch. Die beiden Polizisten sollen eine Mordserie aufklären, die von weiblichen Puppen begangen wurde. Mit der Hilfe des Hackers Kim (Naoto Takenaka) finden sie heraus, dass das verbrecherische Unternehmen Locus Solus in Zusammenhang mit den Morden steht. Um ihren Kunden mehr Abwechslung zu bieten hat die Firma die Seelen junger Mädchen in die Puppen transferiert. Doch das erklärt noch nicht, wie sie zu Kampfmaschinen wurden. Auf der Suche nach den Hintermännern bekommt Bato unverhoffte Unterstützung von seiner ehemaligen Partnerin Major Motoko Kusanagi (Atsuko Tanaka).
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