Japan, 1945: Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs rettet sich der Kamikaze-Pilot Koichi Shishima (Ryunosuke Kamiki) durch eine Notlandung auf der abgelegenen Insel Odo. Hier wird er Zeuge einer zerstörerischen Kraft, als die Riesenechse Godzilla die gesamte Insel verwüstet. Zwei Jahre später lebt Shishima in Tokio, wo er versucht, ein normales Leben mit seiner Frau und seinem Kind zu führen. Doch die Ruhe wird gestört, als Berichte über Godzilla aufkommen, der durch Atomtests im Bikini-Atoll mutiert ist und mehrere US-Kriegsschiffe vernichtet hat. Godzilla steuert auf Japan zu und droht, das Land ins Chaos zu stürzen.