Lieutenant Colonel Yuki (Yusuke Iseya) ist ein ehemaliger Topspion Japans, bis er gefangen genommen und gefoltert wird. Nur knapp entflieht er seinen Peinigern. Zurück in seiner Heimat gründet er eine eigene Ausbildungseinrichtung für Agenten namens "D Kikan". Die hier ausgebildeten Rekruten gehören dank neuer Taktik und intensivstem Training bald zur Elite des Landes. Unter ihnen ist auch Kato (Kazuya Kamenashi), der eigentlich wegen Befehlsverweigerung angeklagt werden sollte, dann aber in die Organisation Yukis aufgenommen wurde. Nach seiner Ausbildung wird er mit der Mission betraut, das so genannte Schwarze Buch, ein voll wertvoller Geheimnisse steckendes Dokument, vom amerikanischen Botschafter Graham zu besorgen. Doch er ist nicht der einzige mit diesem Auftrag und muss sich bald mit der geheimnisvollen Rin (Kyoko Fukada) und Geheimdiensten aus Großbritannien, der Sowjetunion und Deutschland herumschlagen.
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