Fortsetzung von "20th Century Boys". Einige Jahre nach dem ersten Teil sind die wahren Ereignisse um die Bekämpfung des Riesenroboters in Vergessenheit geraten. Denn die offizielle Geschichtsschreibung feiert "Freund" als Helden im Kampf um die Sicherheit der Erde, während Kenji Endo (Toshiaki Karasawa) als Terrorist gebrandmarkt wird, der damals den Riesenrobotor zur Zerstörung Tokios genutzt haben soll. In Wirklichkeit war alles umgekehrt, aber das interessiert den Sektenführer "Freund" natürlich nicht, denn er hat sich die passende Legende gestrickt, um seine Macht ausbauen zu können. Damit will sich Kenjis Nichte Kanna Endo (Airi Taira) aber nicht abfinden. Sie sieht es als ihre Aufgabe an, Kenjis Namen wieder reinzuwaschen und "Freund" das Handwerk zu legen. Gemeinsam mit Detective Chono (Naohito Fujiki), Freundin Kyoko Koizumi (Haruka Kinami) und weiteren Mitstreitern stürzt sie sich in den Kampf.
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