Bei den jährlichen Preisen der japanischen Filmakademie, dem japanischen Gegenstück zum Oscar, konnte "13 Assassins" insgesamt drei Preise gewinnen: Kita Nobuyasu wurde für die beste Kameraarbeit ausgezeichnet, Yuji Hayashida für die beste Art Direction. Dazu gab es eine Auszeichnung für die beste Beleuchtung. Nominierungen gab es für den besten Film, beste Regie, bestes Drehbuch (Daisuke Tengan), bester Hauptdarsteller (Koji Yakusho) und die beste Musik (Kôji Endô).