Der Doctor (Sylvester McCoy) hat den Auftrag die sterblichen Überreste seines Erzfeindes, des Masters, auf ihren Heimatplaneten zu bringen. Doch auf dem Weg kommt es zu einem Unfall. Das Raumschiff des Doctors, die Tardis, stürzt im San Francisco des Jahres 1999 ab – mitten in eine Schießerei zwischen asiatischen Kriminellen, bei der der Doctor lebensgefährlich verletzt wird. Die Ärztin Dr. Grace Holloway (Daphne Ashbrook) versucht sein Leben zu retten, doch sie merkt bei der OP etwas ganz und gar nicht stimmt: Ihr Patient scheint zwei Herzen zu haben und stirbt auf ihrem Tisch. Im Leichenschauhaus regeneriert der Doctor (nun Paul McGann) doch durch die Nachwirkungen der Betäubungsmittel kann sich der geschwächte außerirdische Zeitreisende nicht an seine Identität erinnern. Sein Erzfeind, der Master, hat derweil den Körper des Krankenwagenfahrers Bruce (Eric Roberts) übernommen und hat teuflische Pläne. Er will den Körper des Doctors übernehmen, ein Prozess, bei dem unsere Welt untergehen wird…
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