Im Jahr 2034, zwei Jahre nachdem Motoko Kusanagi (Stimme im Original: Atsuko Tanaka) die geheime Ermittlungseinheit Sektion 9 als Chefin verlassen hat, ist Togusa (Kôichi Yamadera) Anführer der Anti-Terror-Elite-Gruppe, die nun einer neuen Gefahr Einhalt gebieten muss. Der Terrorismus im virtuellen Netz ist schlimmer denn je und hinzu kommen noch unerklärliche Selbstmorde mehrerer Spezialagenten, die die Agenten von Sektion 9 zum Handeln zwingen. Die Ermittlungen führt die Einheit nicht nur zu dem gefährlichen Hacker, der der „Der Puppenspieler“ genannt wird und allem Anschein nach etwas mit den Suiziden zu tun hat, auch ihre ehemalige Anführerin Kusanagi scheint in den Fall verwickelt zu sein. Werden sie herausfinden in welcher Verbindung Kusanagi mit dem Puppenspieler steht und den Fall zu einem erfolgreichen Abschluss bringen?
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