Ash und Pikachu treffen auf ein sehr seltenes Pokémon: Keldeo. Keldeo hat sich in einem Kampf mit dem legendären Drachen Kyurem verletzt und musste zusehen, wie seine Freunde gefangen genommen wurden. Zusammen mit seinen neuen Freunden macht Kyurem sich auf, seine Freunde zu retten.
Ash (Sprecherin im Original: Rika Matsumoto/deutsche Sprecherin: Veronika Neugebauer), Pikachu (Ikue Ôtani) und ihre Freunde müssen einen geheimnisvollen Meerestempel finden, bevor der skrupellose Pirat Phantom dort ankommt. Er will nämlich die dort von den Wassermenschen versteckte Meereskrone in seinen Besitz bringen ...
Auf ihrer Reise zum nächsten Pokemon-Turnier, kommen Ash und seine Freunde an einem idyllischen Dorf vorbei. Doch während ihrer Anwesenheit bricht in dem Ort Chaos aus, als sich eine alte Prophezeiung zu erfüllen scheint, die die Ankunft eines mythischen und tödlichen Pokemons namens Darkrai ankündigt, welches die Macht besitzt, Raum und Zeit ...