Die junge Zuru (Stimme im Original: Sora Amamiya) lebt in einer Welt, die von außer Kontrolle geratenen Maschinen und Programmen beinahe komplett zerstört wurde. Die gesamte Erdoberfläche ist mit einem einzigen chaotischen Bauwerk von gewaltigen Ausmaßen bedeckt, welches sich stetig weiter ausbreitet. Ihre einzige Hoffnung ist der mysteriöse Killy (Takahiro Sakurai), der bereits seit langer Zeit durch die riesige Stadt streift und auf der Suche nach dem Schlüssel ist, mit dem sich die Maschinen abschalten lassen…
Nachdem der Krieg gegen die Monster aussichtslos schien, kehrte die Menschheit - oder was davon übrig blieb - der Erde den Rücken zu. 20.000 Jahre später herrschen die sogenannten "Kaijus" über den blauen Planeten, ihrem Anführer dienend, dem König aller Monster - Godzilla. Als sich eine Gruppe von Menschen auf den Weg zurück auf die Erde ...
Eine rebellische Gruppe Skateboarder will in San Diego einige extreme übernatürliche Erscheinungen untersuchen und landet so in einem unvorstellbaren Abenteuer.