Peter reist in der Zeit zurück, um seinen Bruder zu stoppen, das Geheimnis ihrer Fähigkeiten zu verraten. Sylar lauert Claire auf, um endlich ihre Fähigkeit zu erlangen. Und Hiro bekommt von seinem toten Vater eine wichtige Aufgabe anvertraut.
S03E02 - Der Schmetterlingseffekt
Bei einem Kampf zwischen Elle uns Sylar werden versehntlich 12 gefährliche Superbösewichte aus ihren Zellen befreit. Der Peter aus der Zukunft versucht verzweifelt seine Fehler zu reparieren, während Hiro und Ando die schnelle Daphne nach Paris verfolgen. Mohinder verändert sich nach seiner Injektion.
S03E03 - Einer von uns, einer von ihnen
Noah Bennett muss ausgerechnet mit Sylar zusammen arbeiten, um die entflohenen Bösewichte zu fangen. Hiro und Ando verfolgen derweil "Speedster" Daphne nach Berlin.