Nur mit viel Kraft und Einsatz kann das Gleichgewicht des Universums vom Doctor (Matt Smith) und Amy (Karen Gillan) wiederhergestellt werden. Doch neue Kreaturen und außerirdische Feinde planen bereits, die Menschheit endgültig zu beseitigen. Eine außerirdische Intelligenz nimmt Besitz von der TARDIS und bringt den Doctor auf eine einsame Insel, die alles andere als ein ruhiges Stück Erde ist. Mit dem Wissen seines exakten Sterbedatums muss der Doctor alle Hebel in Bewegung setzen, um sein Ableben zu verhindern, und sich fortan mehr denn je auf die Hilfe seiner Freunde verlassen.
Amy Pond (Karren Gillan) und Rory (Arthur Darvill) genießen ihr Eheleben fernab des Doctors (Matt Smith) - auch wenn sich dieser immer wieder mit kleinen Sperenzien in Erinnerung bringt. Doch eines Tages erreicht sie ein mysteriöser Umschlag mit einer Zeit und Koordinaten, die sie zu einem Ort in der Wüste Utahs führen. Auch River Song (Alex Kingston) erreicht dieser Umschlag. Dort treffen sie auf den Doctor wieder, der sie bittet, ihm zu vertrauen. Kurz darauf tritt ein Astronaut auf den Plan, der den Doctor tötet - endgültig. Ein alter Mann namens Canton Everett Delaware III (William Morgan Sheppard), der ebenfalls einen Umschlag erhielt, taucht ebenfalls auf. Er hat Benzin im Gepäck, um die Leiche des Doctors zu verbrennen. Nachdem man gemeinsam vom Doctor Abschied genommen hat, entdeckt River, dass die Umschläge nummeriert sind. Sie haben die Nummern 2,3 und 4. Doch wer bekam Umschlag Nummer eins? Die Antwort auf diese Frage weist den Weg zu einem Abenteuer, das sie mitten ins Oval Office im Weißen Haus im Jahr 1969 führt, wo Präsident Richard Nixon den Doctor und die junge Version von Canton Everett Delaware III (Mark Sheppard) bittet, ein kleines Mädchen vor einem mysteriösen Astronauten zu retten.
S06E02 - Day of the Moon
Wenige Monate nachdem der Doctor (Matt Smith) von Präsident Nixon (Stuart Milligan) um Hilfe geboten wurde, sitzt er in einem ausbruchsicheren Gefängnis während Amy (Karen Gillan), Rory (Arthur Darvill) und River Song (Alex Kingston) vom FBI unter der Führung von Canton Everett Delaware, dem Dritten (Mark Sheppard) quer durch Amerika gejagt werden. Doch das alles ist nur ein Teil des Doctors Plans im Kampf gegen eine Alienmacht, die die gesamte Erde seit vielen tausenden von Jahren unter ihre Kontrolle gebracht.
S06E03 - The Curse of the Black Spot
Die Tardis strandet auf einem Piratenschiff im 17. Jahrhundert, das von einer mysteriösen aber wunderschönen Seekreatur angegriffen wird. Während die Piraten nach einer Erklärung für die Herkunft der Kreatur suchen, hat der Doctor (Matt Smith) seine ganz eigenen Theorien. Als sich diese aber als falsch herausstellen, muss der Doctor schnell das Vertrauen des Piratenkapitäns (Hugh Bonneville) gewinnen, denn seine Freunde schweben längst in höchster Lebensgefahr.
S06E04 - The Doctor’s Wife
Der Doctor (Matt Smith) erhält ein Notsignal von einem alten Freund und ihm stellt sich die Frage: Gibt es vielleicht doch noch einen anderen Timelord außer ihm irgendwo da draußen. Voller Hoffnung folgt er dem Signal zu einem Schrottplaneten, der von einer sehr ungewöhnlichen Familie bewohnt wird. Während der Doctor, Amy (Karen Gillan) und Rory (Arthur Darvill) von Tante, Onkel und Neffe herzlichst willkommen werden, verhält sich die wunderschöne, aber verrückte Idris (Suranne Jones) sehr merkwürdig. Was versucht sie dem Doctor mitzuteilen? Während sich der Doctor die Lage genauer anschaut, bringt er seine Freunde in größte Gefahr, denn der Planet (Michael Sheen) auf dem sie gelandet sind, stellt sich selbst als Bedrohung heraus...
S06E05 - The Rebel Flesh
Einen Sonnentsunami wirbelt die TARDIS zu einer futuristischen Fabrik auf die Erde, wo menschliche Doppelgänger benutzt werden, um gefährliche Säure abzubauen. Als eine zweite Welle, die Fabrik trifft, bekommen die Doppelgänger eigenes Leben. Sie können sich plötzlich an jede Sekunde des Lebens ihrer Originals erinnern und an all deren Emotionen. Sind die Doppelgänger nun Maschinen mit einer Fehlfunktion oder wirkliche menschliche Geschöpfe? Die „richtigen“ Menschen fürchten sich, während ein Aufstand ihrer Doppelgänger droht. Kann der Doctor (Matt Smith) einen blutigen Kampf verhindern?
S06E06 - The Almost People
Nach dem Sonnensturm dürstet Doppelgängerin Jennifer (Sarah Smart) nach Rache, denn die Erinnerung an ihre Stilllegung treibt sie in den Wahnsinn. Sie kann sich an jede grausame Sekunde jeder „Hinrichtung“ erinnern und will, dass die Menschen dafür bezahlen. Und sie will nicht nur einen Krieg, sie will eine Revolution. Der Doctor (Matt Smith) und sein Doppelgänger müssen sie stoppen, doch kann der Doctor seinem zweiten Ich vertrauen?
S06E07 - A Good Man Goes to War
Amy Pond (Karen Gillan) wurde entführt und der Doctor (Matt Smith) stellt eine ganze Armee auf, um sie zu retten. Doch während er und Rory (Arthur Darvill) auf der Suche nach Amy quer durch die Galaxis jagen, alte Gefallen einlösen und Versprechungen geben, um Unterstützung zu bekommen, stellen die Feinde des Doctors ihrem Widersacher eine perfekte Falle.Währenddessen muss River Song (Alex Kingston) in ihrer Zelle in Stormcage erkennen, dass die Zeit eines Krieges und der dunkelsten Stunde ihres geliebten Doctors gekommen ist. Opfer müssen gebracht werden und River Song muss ihr lange gehütetes Geheimnis dem Doctor offenbaren…
S06E08 - Let’s Kill Hitler
Den ganzen Sommer über hat der Doctor (Matt Smith) vergeblich nach Melody Pond, der entführten Tochter von Amy (Karen Gillan) und Rory (Arthur Darvill), gesucht, nun ist er wieder mit seinen Begleitern vereint. Und mit an Bord ist auch Amys Jugendfreundin Mels (Nina Toussaint-White), die schon immer von einer Begegnung mit dem Doctor träumt. Und die rebellische Draufgängerin hat auch gleich ein Ziel: Sie will Hitler töten. Doch als die Crew in dessen Büro crasht, erreicht sie genau das Gegenteil. Vor Ort ist auch ein Justiz-Raumschiff, das den Kriegsverbrecher zur Verantwortung ziehen will. Doch dies hat schnell ein neues Ziel, denn auch ein anderer, viel größerer Verbrecher ist vor Ort. Und der Doctor erlebt River Songs (Alex Kingston) erste Begegnung mit ihm…
S06E09 - Night Terrors
Jede Nacht liegt der kleine George (Jamie Oram) wacht und fürchtet sich. Er hat Angst vor Monstern, die in seinem Nachtschränkchen leben. Seine Eltern machen sich immer mehr Sorgen, eins ist klar: George braucht einen Doctor. Zum Glück für George erreicht sein Ruf nach Hilfe nicht irgendeinen Doctor, sondern erreicht quer durch Weltraum und Zeit DEN Doctor (Matt Smith) und der stattet nur zu gerne einen Hausbesuch ab. Doch Georges Kinderzimmer ist nicht umsonst einer der gefährlichsten Plätze im Universum, denn Georges Monsters gibt es wirklich…
S06E10 - The Girl Who Waited
Der Doctor (Matt Smith) will Amy (Karen Gillan) und Rory (Arthur Darvill) eine erholsame Pause auf dem Planeten Apalapucia bescheren. Doch dort ist eine tödliche Krankheit ausgebrochen, die alle Wesen mit zwei Herzen innerhalb eines Tages tötet. Daher ist der Planet mittlerweile eine Quarantäneeinrichtung. Rory und Amy kann die Krankheit zwar nichts anhaben, aber dem Doctor. Das erweist sich als besonders problematisch als Amy von den anderen beiden nicht nur räumlich, sondern auch zeitlich getrennt wird. Sie landet auf einer anderen Zeitlinie, auf der die Zeit rasend schnell vergeht. Der Doctor nutzt die Tardis um ihr nach zu reisen, doch aus dem Krankenhaus muss Rory sie aufgrund des Viruses alleine retten. Doch der Doctor hat Amys Zeitlinie verpasst… um 36 Jahre.
S06E11 - The God Complex
Der Doctor (Matt Smith), Amy (Karen Gillan) und Rory (Arthur Darvill) sind auf dem Weg zu dem Planeten Ravan-Skala. Die Legende sagt, dass dort Riesen leben. Aber plötzlich kommt die TARDIS vom Kurs ab und das Raumschiff setzt die Crew in einem gewöhnlichen, aber scheinbar verlassenen Hotel ab. Doch das Hotel ist weder gewöhnlich noch verlassen, wie die Zeitreisenden schnell merken müssen. In einem Raum gibt es einen Gorilla, in einem anderen Clowns und auch die Weinenden Engel sind da. Schnell füllen sich die Gänge mit weiteren Albträumen und der Doctor und seine Gefährten müssen erkennen, dass sie gar nicht in einem Hotel sind.
S06E12 - Closing Time
In den letzten Tagen seines langen Lebens macht der Doctor (Matt Smith) einen Abschiedsbesuch bei seinem alten Freund Craig (James Corden) und steckt gleich wieder mitten drin in einem Abenteuer. Denn in Craigs Nachbarschaft verschwinden Leute auf wundersame Weise. Noch ahnt der Doktor nicht, wer dahinter steckt: die Cybermen, einer seiner größten Erzfeinde.
S06E13 - The Wedding of River Song
Die Welt hat sich verändert, die Zeit steht still und alles, was je auf der Welt passiert ist und passieren wird, passiert zur gleichen Zeit. Der Grund: Einst trat der Doctor (Matt Smith) seine letzte Reise zum Lake Silencio in Utah an, wissend, dass er dort sterben wird. Denn er war sich sicher, dass dies die einzige Möglichkeit ist, dass Universum in Sicherheit zu halten. Doch dann kam alles anders. River Song (Alex Kingston) konnte ihre große Liebe nicht töten und sich der Kräfte, die sie kontrollierten, widersetzen. Nun wurde ein fixer Punkt in der Geschichte geändert und das Universum droht zu kollabieren, die Zeit zu enden. Nur der Doctor kann dies rückgängig machen. Er muss die Geschichte wieder ändern, er muss sterben…