G. Callen (Chris O’Donnell) und Sam Hanna (LL Cool J) sitzen noch immer auf dem U-Boot glaubensfanatischer Terroristen fest. Diese planen, einen Flugzeugträger nahe der Küste von San Diego anzugreifen. Callens und Sams Kollegen Kensi Blye (Daniela Ruah), Marty Deeks (Eric Christian Olsen), Eric Beale (Barrett Foa) und Nell Jones (Renée Felice Smith) arbeiten mit Hochdruck daran, das Unterwasser-Gefährt ausfindig zu machen und die beiden beim Vereiteln des Plans zu unterstützen. Henrietta Lange (Linda Hunt) widersetzt sich im Zuge dessen gar den Anweisungen ihrer Vorgesetzten...