Als Cams Reputation und Karriere in Gefahr ist, reist das Team nach Übersee, um ihr zu helfen, den Fall eines unidentifizierten Jungen zu klären. Doch die Spur führt zurück nach Washington.
S06E02 - Opfer der Liebe
Als die Überreste eines Pärchens in einer Höhle in einem Nationalpark gefunden werden, muss das Team erst einmal die Identität der Toten "zusammenpuzzlen" bevor sie sich an die Mordaufklärung machen könnte. Zudem steht ein Überraschungsbesuch von Booth Freundin, der Kriegskorrespondentin Hannah Burley ins Haus.
S06E03 - Mondäne Maden im Macho
Bones und Brennan müssen eine Leiche im Jersey Shore untersuchen. Schnell können sie die Überreste als die von Richie "The V" Genaro identifizieren, einem 23jährigen Mann, der in der Nacht zuvor in einem populären Club gefeiert hat.
S06E04 - Der Kopf des Kopfgeldjägers
Nachdem ein Schädel und verweste Hände im Müll gefunden werden, muss das Team bevor es das Verbrechen aufklären kann, erst einmal die Identität des Opfer klären. Dieses entpuppt sich als ein Kopfgeldjäger, der nach einem Mordverdächtigen gesucht habt. Brennan wird von einem TV-Professor gefragt, ob er eine Ausgabe seiner Kindersendung aus ihrem Labor mit ihr als Gaststar drehen kann. Sie sagt erst ab, bekommt dann aber ein Angebot das nicht ablehnen kann.
S06E05 - Tod, komm vorbei und tanz mit mir
Nachdem der Schädel einer vielversprechenden jungen Tänzerin gefunden wird, muss das Team herausfinden, was mit ihrem Skelett passiert ist. Es stellt sich heraus, dass die Tote mit Ballett aufgehört hat, um sich ganz dem Hip Hop zu widmen. Booth und Brennan finden bei der Analyse von Beweismitteln Hinweise darauf, dass ein Verdächtiger eine geheime Affäre mit dem Opfer hatte. Unterdessen wird Hannah auf eine Mission in einem heruntergekommenen Viertel der Stadt geschickt, was schnell zu einer echten Gefahr für sie wird.
S06E06 - Der junge Mann im alten Sklavenschiff
Als menschliche Überreste des Sklavenschiffs "Amelia Rose" gefunden werden, treffen sich Vergangenheit und Gegenwart. Das Team soll den Verstorbenen ein anständiges Begräbnis liefern, stößt dabei aber auf eine unerwartete Verbindung zu einem kürzlich begangenen Mord. Bei den Ermittlungen stoßen Booth und Brennan auf ein anderes Schiff, wo das frischere Todesopfer kurz vor seinem Tod gesehen wurde. Unterdessen hat Sweets Probleme damit, ein normales Verhältnis zu Daisy aufrecht zu erhalten und Cam entdeckt eine überraschende Verbindung zur "Amelia Rose".
S06E07 - Die Schöne in der Schokolade
Als menschliche Überreste im weltgrößten Schokoriegel gefunden werden, muss der exzentrische Schokoladenfabrikinhaber Jimmy Walpert mit der Tragödie fertig werden. Das Team findet bald heraus, dass das Opfer voller Geheimnisse, Lügen und heimlicher Affären war. Unterdessen muss Cam damit umgehen, dass ihre Tochter entschieden hat, eine Uni zu besuchen, die ihren hohen Ansprüchen nicht genügt. Hodgins fragt Angela, eine Party für die offizielle Bekanntgabe ihrer nicht wirklich geheimen Schwangerschaft zu geben.
S06E08 - Verdreht bis auf die Knochen
Booth und Brennans neuer Fall führt zu einem Tatort, bei dem eine menschliche Leiche sich wortwörtlich in das Amaturenbrett eines LKWs eingebrandt hat. Bei der Untersuchung des Körpers finden sie eine Schusswaffenverletzung, die jedoch ebenso wenig wie das Feuer für den Tod des Opfers verantwortlich war. Weitere Hinweise findet das Team an einer örtlichen High School, wo die Witwe des Toten Lehrerin ist. Als ersichtlich wird, dass hier eine Schüler-Lehrer-Beziehung eine Rolle spielt, findet man endlich die richtige Spur zur Mordwaffe und zur Lösung des Falles.
S06E09 - The Doctor in the Photo
Brennan erhält einen Blick auf ihr eigenes Leben, als die Leiche einer brillianten und karrieregetriebenen Chirurgin in einer ungemütlichen Nachbarschaft gefunden wird und mehrere Frakturen in ihrem Schädel aufweist. Doch keiner weiß, wie sie dorthin kam und weshalb sie dort war. Während das Team den Fall objektiv beurteilen möchte, schafft es Brennan nicht, ihr eigenes Leben und das des Opfers zu trennen, da es viele Parallelen der beiden gibt. Unterdessen wird Beweismaterial gefunden, das das Team näher an die Lösung des Falles führt, doch es ist Brennans einzigartige Verbindung zum Opfer, das endlich die letzten Details offenbahrt.