Als Skyler (Anna Gunn) von Walts (Bryan Cranston) Drogengeschäften erfährt, will sie die Scheidung. Und auch die Schule hat genug von Walts Unzuverlässigkeiten und suspendiert ihn. Gustavo Fring (Giancarlo Esposito) erkennt seine Chance und bietet Walt für eine vorübergehende Vollzeit-Beschäftigung als Meth-Koch einen riesigen Haufen Geld an. Jesse (Aaron Paul) versucht nach erfolgreichem Entzug sein eigenes Meth-Business aufzubauen, erkennt aber schon bald, dass er ohne Walt ziemlich aufgeschmissen ist...
Walter muss mit dem Flugzeugabsturz und seiner Rolle dabei zurechtkommen. Doch auch Skylers Wut auf ihn macht ihm zu schaffen. Jesse wird klar, dass sein Leben so nicht weitergehen kann.
S03E02 - Caballo sin nombre
Walt versucht, sich mit Skyler zu versöhnen. Doch als seine Anbiederungsversuche ins Leere laufen, unternimmt er drastische Schritte, um seine Familie wieder zu vereinen. Walter Jr. versteht die ganze Situation nicht und lässt seine Wut an seiner Mutter aus. Mit Sauls Hilfe macht Jesse eine lohnenswerte Investitution.
S03E03 - Kopflosigkeit
Walt ignoriert Skylers Forderungen, was die Spannungen zwischen den beiden immer mehr vergrößert. Saul bedrängt Jesse, Walt dazu zu überreden, dass dieser wieder kocht. Hank leidet noch immer an Panikattacken und überschreitet bei der Arbeit eine Grenze.
S03E04 - Grünes Licht
Walter verliert die Kontrolle und gefährdet nicht nur seine Arbeit, sondern auch seine Verbindungen mit Saul und Jesse. Unterdessen glaubt Hank, dass er endlich eine heiße Spur bei seiner Untersuchung des Heisenberg-Falles hat.
S03E05 - Mas
Gus vergrößert seine Anstrengungen, Walt wieder in das Geschäft zurückzubringen, was zu Spannungen zwischen Walt und Jesse führt. Skyler zweifelt an ihrer neuen Beziehung. Eine besorgte Marie konsultiert Skyler, da Hank inzwischen seine Karriere ernsthaft gefährdet.
S03E06 - Sonnenuntergang
Nachdem Walt endlich die Scheidungspapiere unterschrieben hat, versucht Skyler sich mit ihm über die Beziehung zu Walter Jr. zu unterhalten. Die mexikanischen Cousins sind wieder da, doch sie tun nichts, als in Gus' Restaurant zu sitzen. Hanks Untersuchung des Wohnmobils führt ihn auf direktem Weg zu Jesse. Da er weiß, dass Jesse ein früherer Schüler von Walt ist, kontaktiert er diesen. Als Jesse mitbekommt, dass Walt den Wohnwagen loswerden will, führt er Hank auf direktem Weg zu ihnen.
S03E07 - Eine Minute
Hank ist rasend vor Wut darüber, dass man ihn hat glauben lassen, seine Frau hätte einen fürchterlichen Unfall gehabt. Er taucht bei Jesse auf und verprügelt diesen bis zur Besinnungslosigkeit. Jesse möchte umgehend Anklage erheben lassen, woraufhin Hank suspendiert wird. Doch Hanks Probleme werden noch größer, als Gus die Aufmerksamkeit der beiden Mexikaner auf ihn lenkt. Und dann bekommt er einen Anruf...
S03E08 - Familienbande
Jesse wird aus dem Krankenhaus entlassen, während Hank mit schwersten Verletzungen eingeliefert wird. Marie macht auch den Vorgesetzten von Hank für das Geschehene verantwortlich, da dieser veranlasst hatte, dass Hank seine Waffe abgeben muss. Walt muss Gale klarmachen, dass er nicht mehr gebraucht wird. Außerdem besucht er Hank im Krankenhaus und muss, als er den verletzten Mexikaner sieht, erkennen, dass die Cousins wohl auch hinter ihm her waren.
S03E09 - Kafkaesk
Skyler präsentiert einen Plan, als Hanks Krankenhausrechnungen sich anhäufen. Unterdessen einigen sich Walt und Gus, während Jesse eine neue Möglichkeit verfolgt.
S03E10 - Die Fliege
Walt leidet an Schlaflosigkeit und rekapituliert die Entscheidungen, die er getroffen hat und die ihn auf einen Pfad der Zerstörung geführt haben. Im Labor hat er zudem ein Problem mit einer Fliege, die ihn buchstäblich in den Wahnsinn treibt.
S03E11 - Offene Worte
Skyler möchte sich mehr in Walters Angelegenheiten engagieren, was dieser gar nicht gut findet. Unterdessen übernimmt Jesse eine aktivere Rolle in seinem neuen Unternehmen, was ihn zu einer schockierenden Entdeckung führt.
S03E12 - Half Measures
Entgegen Walts Rat, versucht Jesse die Situation auf seine Weise zu klären. Doch als die Bedrohung bereits gelöst zu sein scheint, spitzt sich die Lage dramatisch zu. Nichts ist mehr, wie es einmal war.
S03E13 - Full Measure
Nachdem er die Drogendealer getötet hat, muss sich Walt den Konsequenzen stellen und Gus gegenübertreten. Er gibt dabei vor, nicht zu wissen, wo sich Jesse befindet. Nach einem einvernehmlichen Gespräch wird Gale als Walts neuer Assistent ausgewählt. Walt weiß genau: So lange er der einzige Koch ist, muss Gus ihn am Leben lassen.