Walt (Bryan Cranston) und Jesse (Aaron Paul) haben sich erfolgreich im Meth-Geschäft etabliert und schicken sich an, zu expandieren und sich mit mehr Personal von den Salamancas unabhängig zu machen. Als einer ihrer Männer verhaftet und vor Gericht gestellt wird, geraten sie an den schmierigen Anwalt Saul Goodman (Bob Odenkirk). Der erkennt das Potenzial von Walts Betrieb und stellt ihn einem mächtigen Player im Drogenzirkus Albuquerques vor. Jesse denkt derweil über den Ausstieg nach, weil er Angst hat, wegen des gefährlichen Geschäfts seine neue Freundin Jane (Krysten Ritter) zu verlieren.
Walt und Jesse versuchen, ihren Deal mit Tuco zu beenden. Hank macht sich daran, Maries und Skylers Beziehung zu kitten.
S02E02 - In der Falle
Walt und Jesse sind mit Tuco eingesperrt. Derweil versuchen Marie und Hank Skyler, die sichtlich besorgt über das Verschwinden ihres Ehemannes ist, Beistand zu geben.
S02E03 - Gedächtnisschwund
Walt und Jesse geht das Geld bei dem Versuch, ihre Spuren zu verwischen, aus. Unterdessen hat die DEA einen Anhaltspunkt, der direkt zu den beiden führen könnte.
S02E04 - Ganz unten
Walt versucht, seiner Familie wieder nahe zu kommen. Jesse hat unterdessen Probleme, sein Leben wieder aufzubauen.
S02E05 - Bruchschäden
Hank leidet unter den Folgen seines Zusammentreffens mit Tuca. Unterdessen wirbt Jesse Bekannte an, um das Produkt auf die Straße zu bringen.
S02E06 - Kuckuck
Walts Geheimnis ist in Gefahr, als Skyler Gretchen für die Bezahlung der Behandlung dankt.
S02E07 - Negro Y Azul
Gerüchte über Jesses jüngste Handlungen werden bekannt, als er und Walt über die Ausweitung ihres Territoriums diskutieren. Hank versucht mit seinen neuen Mitarbeitern in El Paso klarzukommen. Skyler verfolgt eine neue Jobmöglichkeit, bei der sie auf einen früheren Kollegen trifft. Jesse lernt seine Vermieterin Jane kennen.
S02E08 - Beauftragen Sie Saul
Als Badger Ärger mit dem Gesetz bekommt, nehmen Walt und Jesse den Rat des zwielichtigen Anwalts Saul Goodman in Anspruch. Die DEA glaubt, sie haben den ominösen "Heisenberg" endlich gefunden. Hank kehrt nach Albuquerque zurück, sein geistiger Zustand macht Marie aber Sorgen.
S02E09 - 4 Tage Auszeit
Damit sie so viele Drogen wie möglich produzieren können, machen sich Jesse und Walter auf in die Wüste. Doch Jesse vergisst die Schlüssel in der Zündung, weshalb schnell die Batterie leer läuft. Als das Wasser ausgeht, wird die Situation brenzlich.
S02E10 - Schluss
Walt hat gute Neuigkeiten über den Verlauf seiner Krankheit erfahren, doch glücklich fühlt er sich nicht. Als Skyler eine Party für ihren Mann gibt, laufen die Dinge aus dem Ruder.Jesse trifft unterdessen auf Janes Vater und ist höchst erstaunt, dass sie ihn nicht als ihren Freund vorstellt.
S02E11 - Mandala
Als einer ihrer Dealer aufgrund einer Schießerei ausfällt, haben Walter und Jesse das Problem, dass nur noch Skinny für sie verkauft. Saul schlägt vor, sie sollten diese Aufgabe erfahreren Leuten überlassen. Jesse beichtet Jane, die lange Jahre drogenabhängig war, was er zum Gelderwerb macht.
S02E12 - Phoenix
Als die Wehen bei Skyler einsetzen, muss Walt einen großen Drogendeal fertigstellen. Als Walter bei Jesse auftaucht, findet er diesen völlig zugedröhnt vor. Als Jesse am nächsten Morgen aufwacht, denkt er, dass man die Drogen, die bei ihm gelagert wurden, gestohlen wurden.
S02E13 - Krisen
Kurz bevor Walts Operation beginnen soll, fällt sein gesamtes Lügenkonstrukt, das er seiner Frau lange Zeit aufgetischt hat, zusammen. Skyler ist tief enttäuscht und erklärt ihm nach der OP, dass er zu gehen habe. Hank ist überzeugt, dass Heisenberg noch frei ist. Jesse muss erfahren, was sein Drogenkonsum den Menschen, die er liebt, anrichten kann. Doch noch weit schlimmere Konsequenzen sind die Folge.