Ted Templeton Jr. (John Paul Karliak) kann sich in das Boss Baby verwandeln. Sein erwachsenes Ich wird beschuldigt ein Wirtschaftsverbrechen begangen zu haben. Er verwandelt sich in das Boss Baby und versucht mit seinen Nichten Tabitha (Ariana Greenblatt) und Tina (Mary Faber) den Untergang der Firma zu verhindern. Währenddessen versteckt Ted sich bei seinem Bruder Tim (Max Mittelman) und gibt sich als sein Kind aus.