Wir schreiben das Jahr X492: In einem von magischem Ether belebten Universum existieren viele kleine Welten, in denen viele jeweils unterschiedliche, außergewöhnliche Phänomene verursacht werden. Die Menschen sind inzwischen in der Lage, sich frei durch dieses Universum zu bewegen. Rebecca, die zusammen mit ihrer kybernetischen Katze Videos für die Plattform B-Cube macht, besucht die Roboterwelt Granbell und trifft einen jungen Mann mit besonderen Kräften: Shiki wuchs ohne menschlichen Kontakt in der Welt der Maschinen auf. Bald erkunden die beiden gemeinsam den Kosmos. Sie entdecken neue Orte, Personen und Dinge, die ihre Freundschaft immer weiter zusammenwachsen lassen, während sie sich auf die Suche nach Mother, der legendären Göttin des Kosmos begeben. Dabei stoßen sie auch auf das Raumschiff „Edens Zero“, mit dem sie fortan reisen…