Nach einem selbstgewählten fünfjährigen Exil kehrt Christopher Pike (Anson Mount) zurück auf das legendäre Schiff der Sternenflotte, die USS Enterprise. Der Grund dafür ist eine Rettungsmission eines anderen Offiziers, der bei einer Rettungsmission verschwunden ist. Gemeinsam mit seiner Besatzung Una (Rebecca Romijn) und Wissenschaftler Spock (Ethan Peck), macht sich Pike auf die Suche. Doch auf dem Weg droht ein Komet einen Planeten zu zerstören. Also muss die Enterprise-Crew mit allen Mitteln verhindern, dass der Komet den Planeten vollständig zerstört. Jedoch stellen sich ihnen die „Sheperds“ in den Weg, die die Enterprise vom Kometen fernhalten wollen.