Jax (Priscilla Quintana) beginnt nach dem Tod ihrer Eltern ein neues Leben. Sie wird Rekrutin an einer Akademie für Weltraumbeschützer, die das Universum vor Bedrohungen bewahren soll. Zusammen mit ihren neuen Bekanntschaften Atria 9 (Raechelle Banno) und Xander (Oliver Dench) begibt sie sich auf neue Missionen, deren Ausmaß von Bedeutung für das gesamte Universum sein werden. Aber nicht alle Kadetten an der Akademie verfolgen Pläne zum Guten.