Während er sich von seiner Schussverletzung erholt, arbeitet House an zwei Fällen gleichzeitig. Ein gelähmter Mann hat seinen Rollstuhl in einen Swimming Pool gefahren und eine Frau wurde bei einer Yoga-Übung paralysiert.
S03E02 - Zu den Sternen?
House und sein Team untersuchen einen Jungen, der behauptet einen Peilsender im Nacken zu haben und von Aliens entführt worden zu sein.
S03E03 - Heimgang
Ein bekannter medizinischer Forscher kollabiert in seinem Labor. House und sein Team führen eine Reihe Tests durch, sind aber nicht in der Lage eine Diagnose zu geben.
S03E04 - Sandkastenspiele
House übernimmt den Fall eines autistischen Jungen, der offensichtlich ohne Grund ständig zu Schreien anfängt.
S03E05 - Konsequenzen
Eine junge Frau wird mit starken Bauchschmerzen eingeliefert, nachdem sie und ihr Ehemann Opfer eines Überfalls geworden sind. Als der Ehemann zusammenbricht, vermutet das Team einen Zusammenhang zwischen den beiden Krankheiten.
S03E06 - Que Será Será
Das Team stößt bei dem Versuch einen stark übergewichtigen Patienten zu untersuchen auf logistische Schwierigkeiten, während House eine Nacht im Gefängnis verbringen muss.
S03E07 - Koma-Mann & Sohn
House versucht einen komatösen Patienten aufzuwecken um ihm Fragen über die medizinische Geschichte seines Sohnes zu stellen.
S03E08 - Zwietracht
Ein achtzehnjähriger Teenager wird nach einem Herzinfarkt eingeliefert. Nach dem studieren der Krankenakte kommt House zu einem Ergebnis, doch statt es seinem Team mitzuteilen, versiegelt er die Diagnose in einem Umschlag und lässt Cameron, Foreman und Chase erraten, zu welchem Schluss er gekommen ist.
S03E09 - Judas?
House übernimmt den Fall eines jungen Mädchens, dass mit einer Bauchspeicheldrüsenentzündung diagnostiziert wurde. Da die geschiedenen Eltern zu keiner Einigung über die Behandlung ihrer Tochter kommen, zieht House vor Gericht.
S03E10 - Unfrohes Fest
Wilson drängt House dazu, einen Deal mit Tritter abzuschließen, doch House lehnt ab und Cuddy schneidet ihn von seiner Vicodinzufuhr ab.
S03E11 - Dr. Cuddys große Lüge
House behandelt einen Feuerwehrmann, der unter unkontrollierbarem Zittern leidet, bereitet sich auf seine Gerichtsverhandlung vor und muss sich auch noch mit Tritter herumschlagen.
S03E12 - Zwangsarbeit
House muss sich um ein Vergewaltigungsopfer kümmern, dass darauf besteht, sich ihm anzuvertrauen.
S03E13 - Wie eine Nadel im Heuhaufen
House und sein Team untersuchen einen jungen Teenager, der an unerklärlichen Atembeschwerden leidet. Doch ein viele größeres Problem für House ist die Tatsache, dass Cuddy seinen Behindertenparkplatz an jemand anderen vergeben hat.
S03E14 - Unempfindlich
Am Valentinstag hat Cuddy ein Blind Date und House verlässt die Notaufnahme um einen anderen Fall anzunehmen.
S03E15 - Heiligt der Zweck jedes Mittel?
House trifft auf ein hirngeschädigtes Musiktalent mit unerklärlichen Fähigkeiten, während sich sein Team Sorgen um seine eigene Gesundheit macht.
S03E16 - Streng geheim
Ein Ex-Marine, der House in einem Traum das Leben gerettet hat, wird mit Symptomen, die dem Golfkriegssyndrom ähneln, eingewiesen.
S03E17 - Erster Kontakt
Eine schwangere Fotografin wird mit einem Schlaganfall eingeliefert. House und sein Team stehen vor einem Dilemma, sollen sie die Mutter retten oder beide Leben riskieren, um auch noch das ungeborene Kind zu retten?
S03E18 - Horrorflug
Im Flugzeug von Singapur treffen Cuddy und House auf einen kranken Fluggast und Cuddy befürchtet eine Epidemie.
S03E19 - Dem Alter entsprechend?
Ein sechsjähriges Mädchen leidet an einer Krankheit, die eigentlich nur bei sehr viel älteren Menschen vorkommt. House versucht die aufkommenden Spannungen zwischen Cameron und Chase zu lösen, in dem er sie zusammen einer Aufgabe zuteilt.
S03E20 - Sündenbock mit Freunden
Das Team untersucht eine junge Frau mit Abulie, doch irgendwann wird es für Foreman zu einem persönlichen Fall.
S03E21 - Auf der Kippe
Wilson bereitet eine Knochenmarktransplantation von Matty für seinen Bruder Nick vor. Doch Matty wird krank und er ist der einzige sichere Spender für Nick.
S03E22 - Kündigung
Das Team untersucht einen College-Studenten während Foreman unerwartet seine Kündigung einreicht.
S03E23 - Es nerven Groß und Klein
House behandelt ein sechzehnjähriges Schachtalent, das dem ganzen Team mit seinem Verhalten gehörig auf den Geist geht.
S03E24 - Menschen machen Fehler
Ein kubanisches Pärchen kommt per Floß nach Amerika um Dr. House zu sehen. Die Frau leidet an einer Herzerkrankung und als sich ihr Zustand verschlechtert befürchtet House, dass jemand aus seinem Team einen Fehler gemacht hat.