Die Beziehungen zwischen dem Franziskanerorden und dem Vatikan werden mit dem Ende des Mittelalters immer komplizierter. Eine neue Weltsicht kündigt sich an, geprägt von der Aufklärung. William von Baskerville (John Turturro) soll zwischen den verhärteten Fronten vermitteln und trifft sich in einem Alpen-Kloster mit allen Beteiligten. Weit kommen sie allerdings mit ihren Gesprächen nicht. Mehrere Morde ziehen alle Aufmerksamkeit auf sich und um herauszufinden, wer hinter den Taten steckt, werden alle Kräfte gebraucht.