Nachdem sie das Portal durchschritten hat, findet Lyra (Dafne Keen) eine Stadt im Himmel, in der seit einigen Tagen auch bereits Will (Amir Wilson) ist. Beide lernen sich kennen und stellen bald fest, dass ihre Welten viele Ähnlichkeiten haben. Bei ihrem gemeinsamen Abenteuer werden sie in den Krieg zwischen dem allmächtigen Magisterium und den Hexenclans verwickelt. Und die Prophezeiung, dass ein Mädchen und ein Junge gemeinsam die Welt retten werden, scheint nun erst recht auf Lyra