Angus MacGyver (Lucas Till) hat sein Leben geändert. Die vergangenen Vorfälle haben ihn dazu bewogen, die Phoenix Foundation zu verlassen und ein zurückgezogenes Leben in Nigeria zu führen. Als ihn die Nachricht erreicht, dass sich einer seiner bisherigen Wegbegleiter in Gefahr befindet, muss er jedoch über seinen eigenen Schatten springen und wieder zurück zur Foundation gehen. Die Streitereien mit seinem Vater Jack (Tate Donovan) muss er dafür ausblenden.