Tony DiNozzo (Michael Weatherly) und Timothy McGee (Sean Murray) legen ihre Pläne, dem Navy CIS endgültig den Rücken zu kehren und Ruhe in ihr Leben zu bringen, abrupt auf Eis, als ein Bombenanschlag unter anderem SecNav Clayton Jarvis (Matt Craven) in den Tod reißt. Gemeinsam mit Gibbs (Mark Harmon), Abby Sciuto (Pauley Perrette) und Ducky Mallard (David McCallum) finden sie heraus, dass eine Terrorgruppe es auf die gesamte Einheit abgesehen hat...
Ziva David (Cote de Pablo) dagegen macht keine Anstalten, zum Team zurückzukehren. Nach dem Tod ihres Halbbruders Ari (Rudolf Martin) stürzt sie in eine tiefe Sinnkrise und zieht sich nach Israel zurück...