Dass sich das Böse nie dauerhaft versteckt, haben die Ninjas in ihren bisherigen Kämpfen bereits erleben müssen. Doch eine neue Gefahr zwingt die Ninjas dieses Mal dazu, eine ungewohnte Allianz einzugehen. An der Seite der Schlangen ziehen die kämpferischen Freunde in die Schlacht gegen die Nindroiden, die unter dem Einfluss von Overlord stehen. Mithilfe der Goldenen Waffe wollen sie den bösen Anführer zum größten Meister aller Zeiten machen. Ein Vorhaben, welches die Ninjas unbedingt verhindern müssen.