Sechs Monate nach einer außerirdischen Invasion auf der Erde, organisiert eine kleine Gruppe überlebender Menschen in der Nähe von Boston den Widerstand. Zu ihr gehört der ehemalige Geschichtsprofessor Tom Mason (Noah Wyle), der aber immer wieder mit dem militärischen Anführer Captain Weaver (Will Patton) aneinander gerät. Die Außerirdischen entführen die Kinder der Menschen und nutzen sie als Sklavenarbeiter. Auch Toms Sohn Ben ist entführt worden. Während er ihn befreien will, muss er gemeinsam mit der schönen Ärztin Anne (Moon Bloodgood) auch herausfinden, was die Außerirdischen antreibt. Denn sie zu verstehen, könnte der Schlüssel zur Befreiung der Menschheit sein.
In der nahen Zukunft wurde ein Großteil der Menschheit von einem hochansteckenden Virus dahingerafft. Doch auf einem Marine-Zerstörer hat eine Gruppe von Personen (u.a. Eric Dane und Rhona Mitra) die Katastrophe überstanden und forscht nun nach einem Heilmittel.
Es geht um eine Gruppe von Soldaten, Wissenschaftler und Zivilisten, die auf einem von einer alten außerirdischen Rasse gebauten Raumschiff festsitzen und unerforschte Regionen des Universums erkunden. Ihr Ziel ist es einen Weg zu finden, wieder auf die Erde zurückzukehren.
Als SG-1 glaubt, die Überreste der verlorenen Stadt der Antiker - die Erfinder des Stargates - entdeckt zu haben, beginnt das Stargate-Kommando mit der Untersuchung. Ein neues Forscherteam, geleitet von der Zivilistin Dr. Elizabeth Weir, reist zu der weit entfernten Pegasus-Galaxie, wo sie eine hoch entwickelte, aber verlassene Stadt auf dem Grund eines Ozeans entdecken.