Petra Seeger ist seit 1979 als Regisseurin tätig. Zwischen 1982 und 1987 arbeitete sie auch als Regieassistentin und Darstellerin bei verschiedenen Spielfilmen in Berlin. Seeger konzentrierte ihre Arbeit auf Dokumentationen und Filmporträts, vorwiegend für den Westdeutschen Rundfunk. Sie machte viele lange Dokumentarfilme über Künstler, Schriftsteller und Filmemacher, unter ihnen Christoph Schlingensief, Peter Zadek und Wim Wenders. In einigen ihrer aktuellen Filme ist sie auch als Kamerafrau tätig.Im Jahr 1999 gründete sie die Produktionsfirma Petra Seeger Film. 2006 gründete Petra Seeger zusammen mit dem Produzenten Joachim von Mengershausen die Produktionsfirma FilmForm Köln.