Roberto Orci und Alex Kurtzman ließen in einem Interview verlauten, dass in der Fortsetzung des sowohl bei Kritikern als auch beim Kinopublikum erfolgreichen Reboots ein komplett neuer Widersacher eingeführt werden soll. Bisher wurde über eine Rückkehr des aus „Star Trek - Der Zorn des Khan“ bekannten Khan spekuliert. In Fan- und Kritikerkreisen zählt der Film von 1982 zu einem der gelungensten der Serie und Khan ist einer der beliebtesten Bösewichte.
Trotzdem wollen die Produzenten lieber einen neuen Charakter erschaffen, der Kirk & Co. das Leben schwer machen soll. Orci dazu: „Ein neuer Bösewicht reizt uns, da wir jetzt eine so gewaltige Vielzahl an neuen Möglichkeiten haben. Viele Fans wollen allerdings die Klingonen im nächsten Film und es ist schwer, auf sowas keine Rücksicht zu nehmen.“ Kurtzman fügte noch hinzu: „Wir überlegen uns nicht, was wir alles in einem Film drin haben wollen und konstruieren dann eine Story drum herum. Wir brauchen erst eine gute Story und schauen dann, ob Khan da rein passt.“
Ob J.J. Abrams wieder die Regie oder nur die Rolle des Produzenten übernehmen wird, ist noch nicht sicher. Die Fortsetzung soll am 9. Juni 2012 in die amerikanischen Kinos kommen.