Mit diesem Spielfilm wird die 1980er-Jahre-Zeichentrickserie „Die 13 Geister von Scooby Doo” fortgeführt und nach mehr als 30 Jahren zu einem Abschluss gebracht. Scooby-Doo ist zurück! Doch der sprechende Vierbeiner und seine Freunde müssen ihre Geisterjagd vorerst beenden, denn ihre Mystery AG wird dichtgemacht, nachdem die Truppe ausversehen einen Unschuldigen geschnappt hat. Als jedoch der alte Freund Vincent Van Ghoul aufkreuzt und Shaggy, Daphne, Velma und Co. um ihre Hilfe bittet, nimmt die Mannschaft die Geisterjagd wieder auf. Es gilt, eine alte Mission, die nie beendet werden konnte, fortzuführen: Denn als die Mystery AG einst die zwölf gefürchtetsten Geister der Welt fing, konnte der sagenumwobene 13. Geist leider nie erwischt werden. Nun treibt jene Nummer 13 ihr Unwesen und sorgt weit und breit für Angst und Schrecken. Scooby-Doo und seine Freunde reisen in den Himalaya, um das schlimmste aller Gespenster ausfindig zu machen. Ein schauriges Abenteuer beginnt, auf dem die Geisterjäger mehr denn je herausfordert werden…