Die Handlung knüpft direkt an die des Vorgängers „Puppet Master: Axis Of Evil an“: Nachdem Danny (Kip Canyon) und Beth (Jean Louise O'Sullivan) den Anschlag auf die Waffenfabrik so gerade noch verhindern konnten, bleibt ihnen noch immer keine Zeit zum Durchatmen, denn der Feind schlägt sofort zurück! Den Nazis gelingt es, eine von Toulons Puppen gefangen zu nehmen, mit deren Hilfe sie die Formel des geheimnisvollen Serums entschlüssel wollen, dass die Puppen einst zum Leben erweckte. Mit diesem wollen sie eine unaufhaltbare Nazi-Armee erschaffen. Es liegt daher erneut an Danny und Beth, nicht nur ihren Puppen-Freund, sondern gleich die ganze Welt zu retten, in dem sie den neuen Nazi-Plan verhindern...
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