Der Filmemacher Christian Weisenborn begibt sich in „Die guten Feinde“ auf eine Reise in die Vergangenheit seiner Familie, genauer gesagt in die seines Vaters Günther Weisenborn, der sich im Widerstand gegen die Nazis engagierte. Günther Weisenborn gehörte zur sogenannten Roten Kapelle, einer losen Gruppierung von verschiedenen Widerstandsgruppen. Aufgrund seines Engagements im Widerstand wurde er 1942 von der Gestapo inhaftiert und entrann nur knapp einer Todesstrafe wegen Hochverrats. Nach der Kapitulation der Nazis und seiner Befreiung aus dem Gefängnis strengte er gemeinsam mit Adolf Grimme einen Prozess gegen den ehemaligen Richter Manfred Roeder an, der nicht nur ihn, sondern auch 52 andere Mitglieder der Roten Kapelle zum Tode verurteilt hatte – keine leichte Aufgabe im von Nazi-Altlasten geprägten Nachkriegsdeutschland.