Die junge Zuru (Stimme im Original: Sora Amamiya) lebt in einer Welt, die von außer Kontrolle geratenen Maschinen und Programmen beinahe komplett zerstört wurde. Die gesamte Erdoberfläche ist mit einem einzigen chaotischen Bauwerk von gewaltigen Ausmaßen bedeckt, welches sich stetig weiter ausbreitet. Ihre einzige Hoffnung ist der mysteriöse Killy (Takahiro Sakurai), der bereits seit langer Zeit durch die riesige Stadt streift und auf der Suche nach dem Schlüssel ist, mit dem sich die Maschinen abschalten lassen…